1、回到海贼隐蔽点，其中的一间房间里有3个宝箱，开启石门的机关在外面的石壁上。如果你已经从佐克那里得到运河钥匙并且法丽斯已经与海盗们分手，则与码头附近的某个海盗对话后可以获得5个回复药。最后，在右边的屋子里可以找到受伤的陆行鸟波阔。
2、获得飞龙之后带着法丽斯来到泰昆城，与大臣交谈，他会建议大家在城堡里住一夜。选择住下之后会发生一段剧情。蕾娜怀疑法丽斯就是她失踪的姐姐萨丽萨。次日早上在城堡里四处调查，可以找到很多物品。从庭院的左侧往上可以进入一个空房间，调查墙上的机关之后会出现一条暗道。一直走到底，会看到大臣和几个宝箱。与大臣交谈可以得到治愈杖，调查宝箱可以得到阿修罗（侍刀）、玻璃钟和手裏剑。调查庭院右边柱子旁边的墙，可以发现一条通向储藏室的暗道，里面堆满了宝箱、罐子和木桶，可以找到物品“小屋”。
3、沃勒斯城的宝藏。沃勒斯城堡的地下室里有一种很强的怪物——恶童，用普通的攻击手段对其毫无效果。如果要拿到宝箱里的物品，你可以将全体队员转职成小偷，让其中一人装备小偷的“逃跑”技能，当然忍者的“烟雾”技能更好。进去之后调查罐子可以得到2000大洋和时空魔法“速度”。调查宝箱可以得到精灵斗篷，这是一件极好的物品。这里只有这些物品，拿到之后就可以离开了。当然你也可以试试挑战这里的怪物，从它身上可以学会青魔法“月之笛”。用青魔法“针千本”或“5级即死”可以轻松地解决它。不过打败它之后没有EXP和ABP，钱也只有可怜的1大洋！
4、冰之召唤兽西瓦。来到沃勒斯城堡的地下室，从下方的门进去，一直走便可找到位于城堡上方的水塔，在塔顶与西瓦战斗，胜利之后便可学会召唤魔法西瓦。塔里的杂鱼战遇到精灵蛤蟆可以学会青魔法“蛙之歌”，注意只有当它们剩下一个的时候才会用这一招。
5、雷之召唤兽拉穆。骑黑陆行鸟或乘飞空艇来到地图西北角的伊斯特利村。调查防具店后面的花圃，然后绕着花圃走几圈，一只蛤蟆就会从里面跳出来并逃走，从它身上会掉下黑魔法“蛤蟆”。接着来到村子北边的羊圈，绕到左上那只羊后面调查，它会把你踢到围栏外面，然后一位站在那里的吟游诗人会教你“爱之歌”。最后，与魔法店旁边的老人交谈，到村外世界地图上，桥对面的森林里逛几圈，不久会遭遇到拉穆。打败他之后会获得一件物品，将其在物品栏中使用，即可学会召唤魔法“拉穆”。
6、故乡的回忆。在风之神殿北方有一个被群山环绕的村庄，那里就是巴茨的故乡利克斯村。骑黑陆行鸟或乘飞空艇来到利克斯村，巴茨便会回忆起儿时的情景。与村中间学者模样的人交谈，了解到巴茨为什么会有恐高症；调查巴茨家里的音乐盒，巴茨会回忆起母亲恒星(Stellar)去世的情景；与住在这里的吟游诗人交谈，他会教你“诱惑之歌”。最后，到宿屋住一晚，巴茨和法丽斯会谈起他的父母多尔冈和恒星。利克斯村的武器店里出售一些在其他地方无法买到的强力投掷物品，物品店的价格是通常的一半。
7、贾阔勒洞窟。这段支线剧情价值不大，但很简单。得到火力船之后可以来到贾阔勒洞窟。进入山洞之后，扳动机关来到最下方，可以看到墙上有一排时隐时现的开关，等开关只剩下一个，其他开关全部消失时，赶快去调查这个开关，上面的墙便会移开，露出一条通道。再往里，调查宝箱可以打开一道石门。继续前行，到最里面可以找到3个宝箱，里面分别是帐篷、手裏剑和电击鞭。如果在此之前你到沃勒斯城堡的时候曾把关在监狱里的独狼放出来，放电击鞭的那个宝箱就空了，调查宝箱会出现提示“里面的东西已被扒手独狼拿走了”。值得一提的是，这里是获得ABP的好地方。与食髑髅者（看起来像是灰色松鼠）战斗可以得到5点ABP，即使它逃跑也能获得5ABP。要消灭它，可以用地属性魔法或千本针。
8、水下飞船弹射器。从砂漠废墟传送到新月岛附近的水下飞船弹射器之后，一路前行，登上楼梯之后进下方的门，来到一个分成3个小间的房间。中间的房间是宿屋，可以休息。左侧房间的下方有一个开关，调查之后会提示“看一看中间房间里的花”。调查中间房间里的花，提示“看一看右边房间里的信”。来到右边房间，调查桌上的信，提示“调查罐子”。再回到左边房间调查左侧的罐子，里面会跳出一只蛤蟆，逃跑时会从书架上撞落一本书，上面写着“往下6步，往右4步，调查那里的东西！”回到最初的那个开关处，调查之后右边的墙壁会移开，露出里面的3个宝箱。宝箱里面是两个手裏剑和白魔法“缩小”。
1、阔尔纳果壶。到考布村，调查村里的水井，里面会跳出一位老人，要你抓一只蛤蟆给他。在村外世界地图上可以遇到名叫阔尔纳果的大蛤蟆，不过很难抓，因为当HP降到一定程度时它们便会逃走。可以用魔兽使的操纵指令将其控制住，然后对其使用青魔法“死爪”，命中后一击濒死，便可以轻松捕获。抓到后回镇上与老人交谈，再加10K大洋便可从他那里换到阔尔纳果壶。
2、雌陆行鸟和幻兽卡托布雷帕斯。得到潜水艇之后前往地图西北方的海底，那里有个洞窟通往地面上一个封闭的山谷。那里有个陆行鸟森林，可惜里面的雌陆行鸟不会飞也不能骑。离开陆行鸟森林回到世界地图，在森林地形上逛一会儿，会遇到一个野牛一样的怪物，需要注意的是，它受到物理攻击之后会反击，使攻击者石化，所以需要多备一些金针，或让一名队员转职成舞者后装备缎带。打败它之后打开菜单进入物品栏，使用刚刚获得的物品，便可学会召唤魔法卡托布雷帕斯。
3、隐藏BOSS金钱龟。长桥附近的洞窟里有一个地方可以获得大量金钱，是一种金钱游戏。从一道门进去之后，走第一步获得10大洋，第二步获得20大洋，然后是40、80……等等。每走一步获得的金钱数就加倍，一直到最后一步（第13步）40960大洋，总共可以获得81910大洋。可是要得到这些钱并不容易，因为每走几步就会遇到强敌金钱龟，实力非常强悍，HP高达32768，且具有超强的物理攻击力和防御力，极难对付。它的弱点是冰，你可以装备冰棒强化冰属性，用黑魔法暴雪3对付它，或者使用暴雪3魔法剑。金钱龟是不死族怪物，所以也可以使用安魂曲输出伤害。金钱龟属于蛮力至上的物理攻击派，反击专用的龟壳也是物理攻击，主脚这边防御物理攻击，办法很多，例如骑士装备精灵斗篷与回避率最高的防具，站在后列用守护指令与庇护能力反复掩护濒死队员，还有侍的白刃取能力与忍者的分身技能，或者战斗开始时召唤魔像（石巨人）也能稍微抵挡一下它的进攻。注意金钱龟HP被打成0后仍然不肯退散，死前会使用一次地震魔法，妄图与主脚们同归于尽，所以一定要让全体队员保持“浮空”状态。当你走到第13步获得40960大洋之后，虽然还能往里走一步，但那里已经没有钱了，而且走上去还是有可能遇到金钱龟。可以使用时空魔法“瞬移”逃到外面。其实当你能打败金钱龟的时候，这些钱已经不算什么了，所以这个事件的价值并不大，纯粹是为了在第二世界寻找挑战。
1、得到飞空艇之后可以在世界各地找到很多东西。
- 你可能发现两只飞龙都不见了。如果你想得到一只，只要回到巴勒城堡与其交谈即可。
- 回新月镇，到吟游诗人家里弹奏钢琴。如果你已经弹奏过前两个世界中所有的钢琴，他就会教你“力量之歌”；如果你已经弹奏过蜃气楼镇里的钢琴，他还会再教你一首“英雄之歌”。有钢琴的地点都还在，它们分别是：图勒村、卡文镇、卡尔纳克镇、贾阔勒镇、新月镇、卢果尔村、姆阿村、蜃气楼镇。
- 回到卢果尔村，还记得防具店里那个丢了缎带的小女孩吗？为了感谢你与超越死亡者战斗，她把找到的缎带送给了你；
- 回到海贼隐蔽点，法丽斯会见到她的老朋友银龙的灵魂，事件结束后可以学会召唤魔法“法丽斯的银龙”；
- 利用波阔可以找到一件很有用的物品。从龟贤者怾多的洞窟开始，骑着波阔经过图勒村和封印城库匝到达卢果尔村，然后一直向西，可以看到一座方型的湖泊。沿河流逆流而上来到伊斯特利瀑布，进入之后调查，可以得到魔法油灯。在战斗中使用可以使出一种召唤魔法。
- 回到姆阿村，左下角小屋的门现在开了。从小屋门口开始，往下3步、往右2步、往下6步、往左6步，然后一直向下，树林里会出现一小块空地，上面有一位老人和两个宝箱。左边是勇气剑，右边是胆小刀。勇气剑有150点攻击力，但每逃跑一次便扣5点攻击力（入手前的逃跑次数也要用来扣减攻击力，所以有的玩家刚入手攻击力就是0），胆小刀每逃走一次却增加1点攻击力，最高有127点，而且战斗中1/4概率让己方逃走。
- “强力保护”是一种很难学到的青魔法，世界上只有一种杂鱼怪物会使用这一招（FF5A增加了一种），而且这种怪物的出现地点非常隐蔽。乘船到沃勒斯城堡北方的海域，在这一片海域的右上方（靠近山脉的地方）来回走动，遇到概率1/16（该数据源自日本的FF用语辞典Wiki），主脚找对位置很快就能遇到，名字是毒刺鳐鱼（呒有见过鳐鱼的玩家有可能误以为是蝙蝠怪）。控制它之后可以在它的指令列表里找到这个青魔法。
- 飞空艇经过改造可以潜水之后，可以在卡尔纳克镇南方的海底发现一个小洞窟。里面有位老人会告诉你到目前为止你的战斗次数、消灭的怪物数量、所有队员的平均经验值、已经打开的宝箱数量以及存盘次数。
2、蜃气楼镇
地图南方的狭长陆地中部有个小树林，在里面来回走动，不久听到随机遇敌战斗的音效，便可以进入这个隐藏城镇。调查防具店里的箱子，柜台会移开，进去之后顺着暗道可以来到隐藏防具店，里面出售各种属性防御饰品（与伊斯特利村的一样）。从魔法店后面的暗道进去可以找到隐藏魔法店，里面可以买到许多最高级魔法。
从酒吧后面的门进去：
a、在柜台边上倒数第二个木桶里可以找到“盗贼小刀”，装备之后可以在攻击的同时进行偷窃；
b、接着下楼，有个人说如果你能骑陆行鸟周游世界，他就会送给你一件物品。要周游世界，你必须找到陆行鸟波阔，然后骑着它朝一个方向一直走，绕一圈之后回到原地。然后回蜃气楼镇找那个人，他会送给你蜃景背心；
c、继续往前，来到另一座屋子的地下室。往右可以找到隐藏武器店；往左走到底可以找到隐藏的钢琴；
d、往回走，从刚才经过的楼梯上去，可以看到一只黑陆行鸟，骑着它可以进行另外两个支线剧情。
3、召唤兽欧丁
去贾阔勒洞窟，走到尽头之后攀上悬崖，可以进入巴勒城堡的地下室。来到最里面会遇到欧丁，在一分钟之内打败它，即可学会召唤魔法欧丁。另外从它身上低概率偷得自动回复HP的守护指环。
4、隐藏职业
乘飞空艇来到沃勒斯塔以前所在的位置，这里已经变成一片海洋。降落之后潜入水中，可以进入沉没海底的沃勒斯塔，进去之后主脚的呼吸只能维持7分钟时间。在这里遇到的怪物都只有影子，而且没有名字，从它们那里可以学会许多青魔法（如果之前有遗漏的话）。从缺口掉下去，一路向下。途中会看到一只宝箱，从下面一层的柱子爬上去之后调查，可以换口气，时间限制重新变成7分钟。到最底层可以看到水晶碎片，选择“否”，会与模仿师Gogo发生战斗。战斗中不要采取任何行动，过一段时间之后Gogo便会认输，然后便可获得隐藏职业——模仿师。火光建议装备盗贼护手提高偷盗成功率，装备神奇魔棒（当物品使用效果是回归）或者时空魔法，在“不采取任何行动”之前，先将他身上的珍贵物品金发饰偷出来，如果偷出皮服，那就回归重新偷。
5、不死鸟塔
世界地图东北方有一片大砂漠，骑上黑陆行鸟降落在砂漠西部的森林里。然后徒步前往西南方，那里有一座高塔。这个塔共有29层，调查墙壁会出现楼梯。第5、10、15、20、25层房间里各有两个坛子，调查其中一个会遇到一种坛子一样的怪物——魔法壶，它会向你索要圣灵药。喂它圣灵药后，它有1/3概率逃走。“不断喂它圣灵药，直到它逃跑为止”，感觉这样不划算，应该利用时空魔法回归节省圣灵药。魔法壶逃走后，主脚获得100点ABP，所以，建议在遇到魔法壶之前，先让四位主脚转职成打算优先修炼的职业，将这100点ABP充分利用。在塔顶会遇到蕾娜的飞龙，一段剧情之后飞龙会变成召唤兽不死鸟。
6、龙王巴哈姆特
骑黑陆行鸟前往地图东北方的砂漠，在森林中降落后往右上方走，会来到北山。到达山顶后会遇到龙王巴哈姆特，打败它之后即可获得最强召唤兽巴哈姆特。